Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21451	COc1ccccc1CN1CCCN(C(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CC1	AlphaDrug	4U5S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21452	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCN(c3ccc(C4=CCCC4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4U5S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21453	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCN(c3ccc(C(=O)NCc4cccc(C(=O)O)c4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4U5S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21454	COc1ccc(C2CCN(C(=O)c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4U5S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21455	COc1ccccc1CN1CCN(C(=O)c2ccc(C(=O)NC3CCCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	4U5S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21456	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCN(c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4U5S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21457	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)/C=C\C=C/c2c(NC(=O)c4ccccc4)cccc2OCO3)cc1	AlphaDrug	4U5S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21458	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4U5S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21459	O=C(NO)C1=C(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)N1CCc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	5KM9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21460	CC1(C)CCC(C(=O)Nc2nc3ccccc3o2)CC(C(=O)O)c2ccc(-c3ccc(Oc4ccccc4)cc3)cc21	AlphaDrug	5KM9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21461	O=C(NO)C1=C(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)N1CCc1ccc(-c2cn[nH]n2)cc1	AlphaDrug	5KM9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21462	Nc1c(Nc2ccc3ccc(OC(F)(F)F)cc3c2C(=O)NO)ncnc1-c1cccc(F)c1	AlphaDrug	5KM9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21463	O=C(NO)C1=C(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)N1CCc1ccc(-c2cccc(Oc3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	5KM9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21464	O=C(NO)C1=C(c2ccc(Cl)cc2)C(=O)N1CCc1ccc(-c2ccc(F)c(Cl)c2)cc1	AlphaDrug	5KM9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21465	O=C(NO)C1=C(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)N1CCc1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5KM9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

21451 to 21465 of 73725 items. Total 4915 pages.