Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21556	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4ccc(C(=O)O)cc34)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21557	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(N4CCCC4)c3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21558	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21559	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)N2CCN(CC3CCCCC3)C2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21560	COc1ccc(C(=O)Nc2cccc3[nH]c(=O)[nH]c23)cc1CN1CCC(C2CCCCC2)C1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21561	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4c3ccn4OC)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21562	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3(c4ccccc4)CCCC3)cc2)cc1CC(O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21563	COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(C(=O)O)c2)cc1CN1CCC(OC(C)(C)O)CC1	AlphaDrug	3L3N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21564	CC1C=CC(N2CCC(OCC(C)(C)Oc3ccc(NC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c4ccccc34)CC2)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21565	COc1ccc(C(C(=O)Nc2cccc(C(=O)O)c2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21566	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc3[nH]c(-c4ccc(C)c(C)c4)cc3c2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21567	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4[nH]c(=O)[nH]c4c3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21568	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3(c4cccc5[nH]c(=O)[nH]c45)CCCC3)cc2)cc1CC(O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21569	COc1ccc(C(=O)N2CCCCC2)cc1CN1CCCN(CC(O)c2ccc(O)c(N)c2)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21570	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3(c4cccc(C(=O)O)c4)CCNCC3)cc2)cc1CC(O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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