Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68446	N=C1C=C(CCCC2CNC(CCNS(O)(O)O)=N2)CC(C(N)=O)=N1	TargetDiff	4XU1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68447	CCC[C@@H]1C=C(C=O)CC2=C1CC(=CC(O)C(=O)N[C@H]1CCN(C(C)=O)C1)S2	TargetDiff	4XU1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68448	CC1C2CC3C(N)C=CC(CCOC4CCC(CC5CNC(NCC(CF)C5O)C2O)O4)C13	TargetDiff	6H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68449	CC1CC(C)(O)C(=O)OC2=C1C(O)C(C(C)O)C(C1COCC1C)=C2	TargetDiff	6H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68450	CC1=C(Cl)C=CC(=CS(N)([O])[O])[C@H]1CC1CCCC1	TargetDiff	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68451	N[SH](O)(O)(F)C1CC2=C(C1)C1C3C=CCC=C3N3CCC(O)C=C3C1CO2	TargetDiff	6H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68452	CCC(=O)OC(F)(F)C(=C=C(F)CC(O)(O)C(C)C1CCCC(O)C1C(C)CC(C)CO)C(F)(F)F	TargetDiff	6H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68453	CC(=O)[C@@H](N)[C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)C(=CCC1CCNC1)CP(=O)(O)O	TargetDiff	6H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68454	CC1CC(O)C(N)C(CC2=C(OC(=O)c3c(F)cccc3CO)CCC2CC(=O)S(O)(O)O)C1	TargetDiff	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68455	C[C@H](C(N)=O)C1C=CC(=C2C=CCC=C2)C2=C1C(=O)CN2	TargetDiff	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68456	COC1=CC(O)C(C2(C(=O)O)CCC(C(O)C(O)C(O)CO)O2)=CC1	TargetDiff	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68457	CC(C)(C)CCCC(=O)C1c2ccc(Cl)cc2CC1CO	TargetDiff	6H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68458	CC1C2CC3(CCC4CC5=CC6C7C=CC=C(O)C7OCOc7cccc(c7)NC7C8=C(C(C5C43)C76)N1NC8)NCNCS2	TargetDiff	4NH8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68459	CC1C(C(=O)O)OC2=CCCC(=C2)CCC2CCC(CC3=C(CO)CCC3CN(C)C(=O)C3CCC(C3)C(=O)N1C=O)O2	TargetDiff	4NH8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68460	CC1CC23OCC4CC(/C=C/C5=CC=CC(C)C5C5=CC2C1=C1CC2=C=CCCC6CC(=C=C7CCNC7=C=C7/C(=C/CC2C51)CC(C(O)C(=O)O)N7C)ON6)CN43	TargetDiff	4NH8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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