DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14446 Cc1nc2ccc(-c3cccc(CN4C=CN(c5ccccc5)CC4)c3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14447 Cc1nc2ccc(C(=O)N3CCC(C(=O)NC4CCCC4NC(=O)NCCC(=O)N4CCCCC4)CC3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14448 Cc1cc(Nc2nc(C3CC3)ncc2C(=O)O)cc(-c2cccc(Cl)c2)c1C#N AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14449 Cc1cc(Nc2nc(-c3ccccc3)ncc2C(=O)O)ccc1-c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14450 Cc1cc(Nc2nc(-c3ccccc3)ncc2C(=O)O)ccc1-c1cccc2cnc(N3CCOCC3)nc12 AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14451 Cc1ccc(Nc2nc(C(=O)O)nc3ncc(N4CCCCC4)nc23)cc1Cl AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14452 Cc1cc(Nc2nc(-c3ccccc3)ncc2C(=O)O)ccc1-c1ccc2ncc(Cl)nc2c1 AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14453 Cc1cc(-c2nnnn2C)ccc1Nc1ncnc2ccccc12 AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14454 Cc1cc(Nc2nc(-c3ccccc3)ncc2C(=O)O)ccc1-c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14455 Cc1cc(Nc2nc(C(Cc3ccccc3)C(=O)O)ncc2C(=O)O)ccc1Cl AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14456 Cc1ccc(C)c(-c2cc(-c3cnc(C#N)nc3C(=O)O)ccn2)c1 AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14457 Cc1cccc(-c2ccc(Nc3nc(-c4ccccc4)ncc3CC(=O)O)cc2C)c1 AlphaDrug 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14458 CC(C)C(NC(=O)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)cc1)C(=O)N1CCCC1C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O AlphaDrug 6HZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14459 Cc1ccc(NC(=O)Nc2ccc(C(=O)NC(C(=O)N3CCCC3C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C(C)C)cc2Cl)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 6HZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14460 CC(C)C(NC(=O)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)cc1)C(=O)N1CCCCC1C(=O)NC(CN1CCC(O)C1=O)C(=O)O AlphaDrug 6HZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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