DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31321 CN1C(=O)Nn2cc3nc4ncccc4nc3c2CC1O Pocket2Mol 5I9Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31322 CC1(C)Oc2cc3ncnc(N)c3cc2C1=O Pocket2Mol 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31323 CN1CN=C2C(=O)N(Cc3cc(CC(=O)O)c[nH]c3=O)C(=O)C=C2C1=O Pocket2Mol 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31324 O=C1N=C2Cc3cc(O)ccc3Cc3c(O)c(O)c(O)c1c32 Pocket2Mol 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31325 CN1C=NC2C(=O)N(Cc3cc(CC(=O)O)c[nH]c3=O)C(=O)C=C2C1=O Pocket2Mol 4MUL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31326 O=C(O)CCC1=C=NC(=O)C(Cn2c(=O)cc(CNC(=O)O)[nH]c2=O)=C1 Pocket2Mol 4MUL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31327 CC1=CC2=C(C1)C(=O)c1cc(O)c(O)c3c1C(=NC3=O)C2 Pocket2Mol 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31328 Cn1c(N)nc2nc3nc4ccc5c(c4cc3cc2c1=O)OC=CO5 Pocket2Mol 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31329 Cn1c(=O)[nH]c2nc3nc4ccc5c(c4cc3cc2c1=O)OC=CO5 Pocket2Mol 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31330 O=C1Nc2ccc(-c3ccc(Cn4ccnc4)cc3)c3cccc(c23)O1 Pocket2Mol 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31331 O=c1ccc2c([nH]1)C1C=CC(Cc3ccccc3)=CC1=N2 Pocket2Mol 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31332 c1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31333 Cn1c(=O)c2ccccc2n(C)c1=O Pocket2Mol 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31334 CN1C(=O)c2cccc3cccc(c23)C1=O Pocket2Mol 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31335 O=C(O)c1ccccc1 Pocket2Mol 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31321 to 31335 of 73725 items. Total 4915 pages.