DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
32941 CN1CC(Nc2nc3c(c4ccccc24)C=CC3)=NC1=O Pocket2Mol 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32942 Cc1ccc(Nc2nc3c(c4ccccc24)C(C)C=C3)cc1 Pocket2Mol 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32943 Cc1ccc(Nc2nc3c(c4ccccc24)C(C)CC3)cc1 Pocket2Mol 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32944 NC1=NC2=c3cc4ccc(N)cc4cc3=C(O)CC2=C1 Pocket2Mol 5ZG1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32945 CC1=CCc2nc(Nc3ccc(C)cc3)c3ccccc3c21 Pocket2Mol 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32946 COc1cc(O)c2c(c1)-c1cccc3c4c(c(=O)n(c13)C2)=NCN=4 Pocket2Mol 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32947 COc1ccc2c(c1)-c1cccc3c4n[nH]nc4c(=O)n(c13)C2 Pocket2Mol 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32948 COc1ccc2c(c1)-c1cccc3c1N(C2)C(=O)C1NCN=C31 Pocket2Mol 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32949 COc1cc(C)c2c(c1)-c1cccc3c4c(c(=O)n(c13)C2)=NCN=4 Pocket2Mol 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32950 COc1cc(C)c2c(c1)-c1cccc3c1N(C2)C(=O)C1NCN=C31 Pocket2Mol 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32951 COc1ccc2c3nnccc3c(=O)n(C)c2c1 Pocket2Mol 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32952 O=C1/C=C/c2cccc(c2)Cc2cccc(c2)-c2nccc(n2)N1 Pocket2Mol 5VJA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32953 CC=C1C=CC(O)=CC1 Pocket2Mol 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32954 c1ccc2cnccc2c1 Pocket2Mol 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32955 c1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

32941 to 32955 of 73725 items. Total 4915 pages.