DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
33361 OCC1(O)CCOCC1O Pocket2Mol 4CD4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33362 CC(C)(O)C1CC=C2N(Cc3cc(O)c(O)c4c3N2CN=N4)C1=O Pocket2Mol 6F3B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33363 NC1=NC(=O)c2ncn3c2C1NC1CCC(C(F)(F)F)N1C3=O Pocket2Mol 6F3B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33364 CC(C)(C)C1CC=C2N(C=C3C=C(O)C(=O)C4=C3N2CN=N4)C1=O Pocket2Mol 6F3B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33365 CC(C)(O)C1CC=C2N(C=C3C=C(O)C(=O)C4=C3N2CN=N4)C1=O Pocket2Mol 6F3B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33366 CC1=NC(O)c2ncn3c2C1NC(=O)N(CC(F)(F)C(=O)O)C3=O Pocket2Mol 6F3B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33367 O=C1N2C(C=CC2C(F)(F)F)NC2C(O)=NC(O)c3ncn1c32 Pocket2Mol 6F3B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33368 O=C1N2C(CCC2C(F)(F)F)N2CCC3=NC(O)c4ncn1c4C32 Pocket2Mol 6F3B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33369 COC(=O)C1CC2CC(C)CN2C(=O)CN1 Pocket2Mol 5M77 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33370 O=C1NC(O)CN2CCC3(N=C12)C1COC3C(O)C1 Pocket2Mol 5M77 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33371 O=C1CC(O)CN2CCC3(N=C12)C1COC3C(O)C1 Pocket2Mol 5M77 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33372 C1COCCN1 Pocket2Mol 5M77 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33373 COC1=C=Cc2c(nc3c4c2C=CCC(O)=C4N=C=C3)N1 Pocket2Mol 5N93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33374 NC(=O)Cc1nc2ccc3c(O)ccc4cnc(n1)c2c43 Pocket2Mol 5N93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33375 CC1c2ccc3c(ncn3C)c2-c2cc(F)cc(C(=O)O)c21 Pocket2Mol 5N93 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

33361 to 33375 of 73725 items. Total 4915 pages.