DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
33751 Cn1c(C(=O)Nc2ccc3c(ccc4ccccc43)n2)cn(C(CO)Oc2cccc(F)c2)c1=O Pocket2Mol 6HAX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33752 CCCNC(=O)C(OCCCO)n1cc(C(=O)Nc2ccc3c(ccc4ccccc43)n2)n(C)c1=O Pocket2Mol 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33753 Cn1c(C(=O)Nc2ccc3c(ccc4ccccc43)n2)cn(C(CO)Oc2ccccc2)c1=O Pocket2Mol 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33754 Cc1cccc(C=N)c1 Pocket2Mol 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33755 Nc1nccc2c1C=CC2 Pocket2Mol 4MRE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33756 c1ccc2cnccc2c1 Pocket2Mol 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33757 Cc1ccc(C)c(N)c1 Pocket2Mol 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33758 c1ccc2nc3cc(-c4cc(C5CCNC5)ccn4)ccc3nc2c1 Pocket2Mol 6C0S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33759 O=C(Nc1ccc2c(c1)CCCC2)C(O)c1ccnc2c1C=C=C2 Pocket2Mol 6C0S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33760 c1ccc2nc3cc(-c4cc(C5CCCN5)ccn4)ccc3nc2c1 Pocket2Mol 6C0S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33761 CCC1C=CC=C2C(c3ccc4nc5ccccc5nc4c3)=NN=C21 Pocket2Mol 6C0S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33762 c1ccc2nc3cc(-c4n[nH]c5ccccc45)ccc3nc2c1 Pocket2Mol 6C0S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33763 CC(O)N1C(O)c2cc3ccccc3c3nc4c(S(N)(=O)=O)ccc5c4c(c23)C1CC5 Pocket2Mol 4QJ0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33764 CCc1cc2c(cc1CC(=O)O)-c1nncc3ccc(CS)c(c13)N2 Pocket2Mol 4QJ0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
33765 CC(=O)N1C2OC=C3c4c2c(nc2c(S(N)(=O)=O)ccc(c42)CC3(C)C)CC1(C)C Pocket2Mol 4QJ0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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