DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34291 O=[N+]([O-])C1=C2C(=NC3=C2CCC=C3)CCC1 Pocket2Mol 6N8X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34292 c1cc2nccnc2cn1 Pocket2Mol 6N8X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34293 Cc1cc(O)c(C(=O)O)c(-c2ccc(C(=O)NN)c(O)c2F)c1 Pocket2Mol 5AML ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34294 O=C(O)c1ccc(F)c(F)c1-c1ccc(C(F)(F)F)cc1F Pocket2Mol 5AML ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34295 O=C1CSc2ccc(-c3c(F)cccc3C(=O)O)c(F)c2N1 Pocket2Mol 5AML ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34296 Cc1ccc(C)c(-c2ccc3c(c2F)NC(=O)NS3(=O)=O)c1F Pocket2Mol 5AML ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34297 NC(=C1C=C=CC=C1)S(N)(=O)=O Pocket2Mol 5AML ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34298 CCCC(O)C(=O)NC1CCc2cc(N)[nH]c(=O)c2C1 Pocket2Mol 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34299 COc1ccc(C(=O)NCC2C(C(=O)Nc3ccc4cc(C)[nH]c(=O)c4c3)=Cc3ccccc32)cc1 Pocket2Mol 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34300 Cc1cc(N)c(C(=O)NCC2C(C(=O)Nc3ccc4cc(C)[nH]c(=O)c4c3)=Cc3ccccc32)c(O)c1 Pocket2Mol 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34301 Cc1c(CN)ccc2c1CN=C2 Pocket2Mol 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34302 Nc1cc(O)c(OC=CC(=O)O)c(Cl)c1 Pocket2Mol 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34303 Nc1ccc(OC=CC(=O)O)c(Cl)c1 Pocket2Mol 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34304 Fc1ccc2cc3sccc3nc2c1 Pocket2Mol 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34305 Nc1ccc(Oc2ccccc2Cl)cc1 Pocket2Mol 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

34291 to 34305 of 73725 items. Total 4915 pages.