DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34861 Cc1cccc(O)c1 Pocket2Mol 5WA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34862 Cc1cnc2c(n1)C1=NC(=O)C3=CCc4ccccc5c6cncc-2c6c(c4-5)C31 Pocket2Mol 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34863 CC1C(=O)N(C)c2cc(=O)[nH]c3c2c1nc1c(C(=O)O)cc(C(=O)O)cc13 Pocket2Mol 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34864 CC1C(=O)N2C=CCc3c2c2c1nc1c(C(=O)O)cc(C(=O)O)cc1c2[nH]c3=O Pocket2Mol 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34865 Cc1cnc2c(n1)C1=NC(=O)C3C=Cc4ccccc5c6cncc-2c6c(c4-5)C13 Pocket2Mol 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34866 O=c1cc2c(n1)c1nccnc1c1cncc3c4cccccc4c2c31 Pocket2Mol 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34867 C=C1CC2=Nc3c(Nc4ccc5oc6cc(NC(C)=O)ncc6c5c4)nn(C)c3N3CCC(O)C(=C23)C1 Pocket2Mol 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34868 CC1=C=NN=C1C Pocket2Mol 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34869 CC1=CC2=C(O)C=CN3c4c(c(Nc5ccc6oc7ccncc7c6c5)nn4C)N=C(C1)C23 Pocket2Mol 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34870 Cn1nc(Nc2ccc3oc4cc(NC(N)=O)ncc4c3c2)c2c1N1CCC(=O)C3=CC(F)=CC(=N2)C31 Pocket2Mol 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34871 CC1=CC2=Nc3c(Nc4ccc5oc6cc(NC(=N)N)ncc6c5c4)nn(C)c3N3CCC(O)C(=C23)C1 Pocket2Mol 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34872 CC1=NN=C=C1 Pocket2Mol 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34873 O=c1cc(O)cc[nH]1 Pocket2Mol 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34874 Nc1ccc[nH]c1=O Pocket2Mol 4RIV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34875 O=c1ccc(F)c[nH]1 Pocket2Mol 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

34861 to 34875 of 73725 items. Total 4915 pages.