DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36886 C=C(O)COC(C(=O)O)c1ccc2cc3ccccc3cc2c1 Pocket2Mol 4ZW6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36887 CC(OC(C(=O)O)c1ccc2cc3ccccc3cc2c1)C(=O)O Pocket2Mol 4ZW6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36888 O=C(OCC1CC2C(=O)NC3=CC(O)=CCN3C2C1)C1=CCNC1 Pocket2Mol 4ZW6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36889 O=C(OCC1CC2C(=O)NC3=CC(O)=CCN3C2C1)C1=CNCC1 Pocket2Mol 4ZW6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36890 C1=Cc2ccccc2C1 Pocket2Mol 4ZW6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36891 CCc1ccccc1C1NC(=O)c2c3c1cc1c(CC)oc(=O)oc1c3c(=O)n1c(=O)nc(NC3CCCC(O)C3)nc21 Pocket2Mol 6MQC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36892 CC1OC2=c3c4c5c6c(c7nc(NC8CCCCC8)nc(=O)n7c(=O)c6c3O1)C(=O)NC5C1(C(=O)O)CCCC1C4C=C2 Pocket2Mol 6MQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36893 CC1(C)OC2=c3c4c5c6c(c7nc(NC8CCCCC8)nc(=O)n7c(=O)c6c3O1)C(=O)NC5C1(C(=O)O)CCCC1C4C=C2 Pocket2Mol 6MQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36894 CC1=c2cc3c4c(c5nc(N[C@@H]6CCC[C@H](O)C6)nc(=O)n5c(=O)c4c2OC(=CO)O1)C(=O)N[C@@H]3c1cccc(F)c1 Pocket2Mol 6MQC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36895 OCN1CN2C(O)C3OC4CC1C2C43O Pocket2Mol 5N6S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36896 OCN1CN2C(O)C3OCC4OC3(O)C2C41 Pocket2Mol 5N6S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36897 O=C(N=CCCc1cccc(O)c1)c1ccncc1 Pocket2Mol 5N6S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36898 C[C@H](N=CCCC(=O)O)c1ccncc1 Pocket2Mol 5N6S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36899 CC12CCCC3C4C=CC5(CCCC(C1)C5C32)CC4 Pocket2Mol 4M8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36900 C=C1CCCC2CC3(CCCCC3)CC12 Pocket2Mol 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

36886 to 36900 of 73725 items. Total 4915 pages.