Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
37081	CC1=C2CN3C(=O)C(O)C(=O)N=C3NC2=CC1=O	Pocket2Mol	6FZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37082	COC(=O)Cc1cc2nnc3n2c(n1)-c1ccccc1N3	Pocket2Mol	6FZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37083	O=C(O)Cc1cc2nnc3n2c(n1)-c1ccc(F)cc1N3	Pocket2Mol	6FZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37084	CC1=c2c([nH]c3nc(=O)c(O)cn3c2=O)=CC1=O	Pocket2Mol	6FZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37085	COc1ccccc1CNC(=O)C(=O)C(C)c1ccc2c3c4c5n(c(=O)c13)NNC5=CC1C=CC3=C1C4C(=C2)C(O)C3	Pocket2Mol	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37086	COc1ccccc1CNC(=O)C(=O)C(C)c1ccc2c3c4c5n(c(=O)c13)NNC5=CC=C1CC(=O)CC(=C2)C14	Pocket2Mol	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37087	CCC=C1NNn2c1c1c3c(ccc([C@@H](C)C(=O)C(=O)N4C=Cc5ccccc5C4)c3c2=O)C=C(CC(=O)OC)C1	Pocket2Mol	5DEY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37088	COc1ccccc1CNC(=O)C(=O)C(C)c1ccc2c3c4c5n(c(=O)c13)NNC5=CC1C=CC3=C1C4C(=C2)C(=O)C3	Pocket2Mol	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37089	COc1ccccc1CNC(=O)C(=O)C(C)c1ccc2c3c4c5n(c(=O)c13)NNC5=CC1C=CC3CC(=O)C(=C2)C4C13	Pocket2Mol	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37090	CCC=C1NNn2c1c1c3c(ccc([C@@H](C)C(=O)C(=O)N4C=Cc5ccccc5C4)c3c2=O)C=C(c2ccccc2)C1	Pocket2Mol	5DEY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37091	CC(C(=O)C(=O)Nc1cccc2sccc12)c1ccc2c3c(c4n(c(=O)c13)NNC4)CC(C(=O)O)=C2	Pocket2Mol	5DEY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37092	COc1ccccc1CNC(=O)C(=O)C(C)c1ccc2c3c4c5n(c(=O)c13)NNC5=CC1C=CC3CC(O)C(=C2)C4C13	Pocket2Mol	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37093	COc1ccccc1CNC(=O)C(=O)C(C)c1ccc2c3c4c5n(c(=O)c13)NNC5=CC1=C3C(C=C1)CC(=O)C(=C2)C34	Pocket2Mol	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37094	CNC(=O)C1=CS(N)(O)NC=C1	Pocket2Mol	5E2K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
37095	Cc1ccc(C(=O)NO)c(O)c1	Pocket2Mol	5E2K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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