DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
37381 Cc1ccccc1 Pocket2Mol 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37382 Nc1cccc(O)c1 Pocket2Mol 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37383 c1ccccc1 Pocket2Mol 6FHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37384 CC(=O)N1C(=O)C(=O)c2[nH]c3cccn3c(=O)c2C1=O Pocket2Mol 4UOH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37385 CC(=O)N1C(=O)C(=O)c2[nH]c(=O)[nH]c(=O)c2C1=O Pocket2Mol 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37386 O=C1c2cc3ccccc3n2C(O)CC2C=CCN12 Pocket2Mol 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37387 COc1ccc2c(c1O)C(=O)N1CCCCC1C2(O)O Pocket2Mol 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37388 CC(=O)N1C(=O)C(=O)C2=C(C(=O)NC3=CCCN32)C1=O Pocket2Mol 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37389 O=C(O)c1ccc2c(c1)C(=O)N1CC=CC(O)=C1C2O Pocket2Mol 4UOH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37390 CCOC(=O)C1=CC(O)C(=O)N(C(C)=O)C1=O Pocket2Mol 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37391 O=C1c2c(O)cc(CO)cc2C(O)(O)C2CCCCN12 Pocket2Mol 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37392 CC(=O)N1C(=O)c2ccc(O)c3c2C(CC(O)C3)C1=O Pocket2Mol 4UOH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37393 CC(=O)N1C(=O)C(=O)C2=C(C(=O)NC(=C(C)C)N2)C1=O Pocket2Mol 4UOH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37394 CC=C1c2c(CC)c(O)cc(C)c2C(=O)[C@H]1c1cccc(C(=O)O)c1 Pocket2Mol 4CWO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
37395 CCc1ccc(=O)n2c1C(=CF)[C@H](c1cccc(C(=O)O)c1)C2=O Pocket2Mol 4CWO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

37381 to 37395 of 73725 items. Total 4915 pages.