DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40096 COc1cc(Cl)cc(OC2=c3cccc4c3=C(CCC4)C2)c1 Pocket2Mol 5TBM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40097 CCc1ccc(OC2=c3cccc4c3=C(C=CC4)C2)cc1Cl Pocket2Mol 5TBM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40098 O=C(O)c1ccncc1 Pocket2Mol 5TBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40099 C=[SH]c1ccc(OC2=c3cccc4c3=C(CC=C4)C2)c(Cl)c1 Pocket2Mol 5TBM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40100 COC(=O)NC1CC(=O)N2Cc3c(C)cccc3N3C2=C1Cc1c3ccc(O)c1F Pocket2Mol 6CKW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40101 COC(=O)NC1C=Cn2c(=O)c3cccc4[nH]c5cc(O)c(F)c6c5n(c2=C1C6)-c43 Pocket2Mol 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40102 COC(=O)Nc1cc(=O)n2c3c1Cc1c(ccc(O)c1F)N3c1cccc(C)c1C2 Pocket2Mol 6CKW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40103 O=[N+]([O-])C1=CCc2c(F)cccc2C1 Pocket2Mol 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40104 O=C1NCc2ccc3c4c2C2C1CCC2C(=O)N4CCC3 Pocket2Mol 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40105 O=C(C1=NCC(O)C1)N1CCC2OC3=CC=C=CC3=CC21 Pocket2Mol 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40106 O=C(C1=NCC(O)C1)N1CCC2OC3=CC=CCC3=CC21 Pocket2Mol 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40107 CC1(C)CCN(C(=O)c2ccccc2)C1 Pocket2Mol 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40108 CC1CCC2(CCCN2C(=O)c2ccccc2)C1 Pocket2Mol 6IEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40109 CC1Nc2ccc3ccc(=O)n4c3c2N(CC4)c2cc(C(=O)O)cnc21 Pocket2Mol 6IEZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40110 O=C(O)c1cc2c3c(c1)N1CCn4c(=O)ccc5ccc(c1c54)NC3CC2 Pocket2Mol 6IEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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