DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40876 NC(=O)C(O)C1CCNC(c2ccc3c(c2O)CC=CC3)CN1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40877 Cc1nc(C(=O)O)cc(Cc2ccc(C(=O)NCN(C)c3ccccc3)cc2)c1C Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40878 Cc1cc(Cc2ccc(C(=O)Nc3nc(=O)c4ccccc4[nH]3)cc2)c(C)c(C)n1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40879 Cc1cc(Cc2ccc(CNC3=CC=C4CC=CC=C4N3)cc2)c(C)c(C)n1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40880 CCC=C(O)C1CC(=O)N[C@H](C2=C[C@@H]3CC(C(=O)O)=CC[C@@H]3C=C2)C(=O)N1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40881 C(=Cc1ccccn1)C=Nc1cc2ccsc2c2ccccc12 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40882 NC(=O)CC1CCNC(C2=CC3=CC=CCC3C=C2)C(=O)N1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40883 Cc1ccc(C(N)=O)cc1Cc1ccc(C(=O)NC2CCc3ccccc3N2C)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40884 Cc1ccc(C(N)=O)cc1Cc1ccc(C(=O)NC2CCc3ccccc3N2)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40885 Cc1cc(C=Nc2cc3ccccc3c3ccccc23)cc2c1CCN2 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40886 CN1C=Cc2cc(F)c3ncccc3c2C1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40887 CC1Cc2cc3oc(CC4=CC=C5C(O)=CCC=C5N4)cc3cc2C(C(=O)O)CO1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40888 Cc1ccc(C(=O)O)cc1Cc1ccc(C(=O)Nc2nc(=O)c3ccccc3[nH]2)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40889 COc1cc(C(N)=O)cc(Cc2ccc(CNC(=O)Nc3cccc(O)c3)cc2)c1C Pocket2Mol 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40890 Cc1c(O)cc(C(=O)O)cc1Cc1ccc(CNc2nc(=O)c3ccccc3[nH]2)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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