DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
42646 COC1=COC2=CC3=C4Oc5ccc(Cl)cc5C5C4=C(CC3CC2=C1)C1C(O)C(CO)C(O)CN51 Pocket2Mol 5I3X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42647 C=CCc1cccc(O)c1C1=CN(C)c2cc(C(=N)N)ccc2N1 Pocket2Mol 4NA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42648 COc1ccc(O)c(C2=CN(C)c3cc(C(=N)N)ccc3N2)c1 Pocket2Mol 4NA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42649 N=C(N)c1ccc2[nH]c(=O)c(Cc3ccccc3)c(C(=O)O)c2c1 Pocket2Mol 4NA9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42650 C=CCc1cccc(C)c1C1=CN(C)c2cc(C(=N)N)ccc2N1 Pocket2Mol 4NA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42651 COCc1c(C)c(=O)[nH]c2ccc(C(=N)N)cc12 Pocket2Mol 4NA9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42652 CNC(=O)c1nccc2c3c(ccc12)-c1cccc2cccc(c12)O3 Pocket2Mol 4W9D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42653 c1ccc(Nc2ccc3c(c2)Oc2cccc4cccc-3c24)cc1 Pocket2Mol 4W9D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42654 c1cc2c3c(cccc3c1)-c1cc3c(cc1N2)nc1n3CCCC1 Pocket2Mol 4W9D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42655 CC=C1Oc2ccc(Cc3ncc(F)cc3O)cc2-c2ccccc21 Pocket2Mol 4W9D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42656 CC=C1Oc2ccc(Cc3ccccn3)cc2-c2ccccc21 Pocket2Mol 4W9D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42657 CNC(=O)c1cccc2cccnc12 Pocket2Mol 4XK9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42658 OC(c1cc(CNC2CCCC2)ccn1)N1CCNCC1 Pocket2Mol 4XK9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42659 CC1CCC2C3=C(C=CN(c4cccnn4)C3)CC(=O)N2C1 Pocket2Mol 4XK9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42660 O=[N+]([O-])c1cccc2ccccc12 Pocket2Mol 4XK9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

42646 to 42660 of 73725 items. Total 4915 pages.