DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43126 COC(=O)CC1=NC(N)C=C(c2cccc3cc(O)c(O)cc23)N1 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43127 COc1ccc2ccncc2c1O Pocket2Mol 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43128 C1=Cc2cccc3ncnc(c23)C1 Pocket2Mol 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43129 O=C1c2ccc3c(=O)c4cn[nH]c4[nH]c3c2-c2cccc3c2C1CC(O)=C3 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
43130 C#Cc1ccc(O)nc1-c1cc2n(c1)C(N)CC(=O)N2 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43131 Cn1ncc2c1CC=NC2=O Pocket2Mol 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43132 O=C1CC2=C(N1)Nc1c(ccc3c1-c1cccc4c1C(CC(O)C4)C3=O)C2 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
43133 Nc1nc(C(=O)NCc2cccnc2O)nc2c1COc1cccc(O)c1-2 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
43134 CC(=O)Nc1nc(=N)c2c([nH]1)-c1cccc3c1C(CC2)NC(C)=C3 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43135 C#CC Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
43136 CC1=C(CNC(O)c2ncc3c(=O)n(C)c(=O)[nH]c3n2)C(=O)CCC1 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43137 N=c1nc(NC(N)=O)[nH]c2c1CCC1NC=Cc3cccc-2c31 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43138 Cc1ccc2c(Nc3csc(N)c3)nc(N)c3c2c1CC(=O)N3 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
43139 C#Cc1cc(O)c(O)nc1-c1ccc2cnc3ncc(F)c(O)c3c2c1 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43140 O=C1N=Cc2ccc3cc4c(cc3c2=C1O)=NCC1=C2C4=NC=CC2C=C1 Pocket2Mol 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔

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