DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43426 COc1cc(N2C=NC3=C(C2)N2C=C(C)C(=O)NC2N3)nc(N)n1 Pocket2Mol 5NK9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43427 COc1cc(N2C=Nc3[nH]c4nc(=O)c(-c5ccccc5)cn4c3C2)nc[n+]1[O-] Pocket2Mol 5NK9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43428 CCCC1=NC2=NC=CC3C(N)=NN=C3C2=N1 Pocket2Mol 5NK9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43429 COc1ccc(C2=CC(O)C(O)C(O)=C2)c(OC)c1 Pocket2Mol 4RYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43430 CN(CCO)Cc1ccc(-c2cc(-c3nn(C(=O)c4ccc(C(N)=O)cc4)cc3-c3ccc(CC=CO)cc3)nn2C)cc1 Pocket2Mol 4RYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43431 CN(CCN)Cc1ccc(-c2cc(-c3nn(C(=O)c4ccc(C(N)=O)cc4)cc3-c3cc(O)cc(CCC(=O)O)c3)nn2C)cc1 Pocket2Mol 4RYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43432 Nc1ncc2cccnc2n1 Pocket2Mol 4RYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43433 CC=CC=C(c1cc2ccccc2c(Cc2cc(O)cc(C=CC)c2)n1)c1cccc(C(=O)O)c1CNC(C)=O Pocket2Mol 4ZYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43434 CC=CC=C(c1cc2ccccc2c(Cc2cc(O)cc(C(=O)O)c2)n1)c1c(C)ccc(C(=O)O)c1CNC(C)=O Pocket2Mol 4ZYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43435 CC=CC=C(c1cc2ccccc2c(Cc2cc(O)cc(C(=O)O)c2)n1)c1c(C)cc(O)c(C(=O)O)c1CNC(C)=O Pocket2Mol 4ZYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43436 CC=CC=C1c2cc3ccccc3c(n2)Cc2c(ccc3ccc(F)cc23)OCCNCc2c(C)cccc21 Pocket2Mol 4ZYF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43437 NC1=CC=NC1 Pocket2Mol 6F9G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
43438 CNCCNC Pocket2Mol 6F9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43439 CNCCCN Pocket2Mol 6F9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43440 CNCCCO Pocket2Mol 6F9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

43426 to 43440 of 73725 items. Total 4915 pages.