DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44176 NC1=NC(=O)C2=CC=C=NC2=C1 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44177 Nc1nc2c(N)ncnc2[nH]1 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44178 C1=NC2=NCc3c4c(nc(c32)N1)-c1ccccc1CN4 Pocket2Mol 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44179 CC(CO)NC1=CCc2cnc(N)nc2N1 Pocket2Mol 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44180 Nc1nccc2nc(-c3cccc(C4=NC(=O)C(C(=O)O)=CC4)c3)[nH]c12 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44181 Nc1nc2[nH]cccc-2c(=O)n1 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44182 O=C1NC2=NCN=C3N=CNC(=C32)N1 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44183 NC1=C2N=C(c3cccc(-c4ccc5ccoc5n4)c3)C=C2CN=N1 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44184 Cc1cc(-c2cccc(-c3ncc(F)cc3F)c2)[nH]c2cnnc1-2 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44185 Nc1nc[nH]c2nc(-c3cccc(C4=NC5=NC=NC5C(=O)C4)c3)nc1-2 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44186 NC1=NC(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)c(N)n3)c2)=NC2=NC=NC12 Pocket2Mol 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44187 Cc1ccc(-c2cccc(C3=NC4=NC=NC4C(N)=N3)c2)nc1N Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44188 O=C(O)c1ccc(-c2cccc(C3=CC4=CCNC4N=C3)c2)nc1 Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44189 Cn1c(=O)cc(-c2cccc(-c3c(O)cc(O)c(O)c3O)c2)[nH]c1=O Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44190 O=C1C=CC(c2cccc(-c3cc4cnccc4[nH]3)c2)=NC1=O Pocket2Mol 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

44176 to 44190 of 73725 items. Total 4915 pages.