DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44971 CCCc1cc(C)c2cc(O)c(Nc3ccc(-c4cc(-c5cccc(C6C(=O)Nc7ccc(F)cc76)c5)nn4C)cc3O)c(F)c2n1 Pocket2Mol 6QGH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44972 O=C1NC2=C(C/C=C3/CC=CC=C13)C(=O)C(=O)C(O)C2 Pocket2Mol 6QGH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44973 Cc1nc2ccccc2nc1C1=NC(=O)C(C2=NC3C=C(O)C(C4=NC5=CCC(C(=O)O)=CC5=CN4)=CC3=C2)=C1 Pocket2Mol 4V01 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44974 COCCCCC1=CC2=CNC(C3=CC4=CC(C5=CC(c6nc(C)cnc6C)=NC5=O)=NC4C=C3O)=NC2=C=C1F Pocket2Mol 4V01 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44975 Cc1nc2c(C)cccc2nc1C1=NC(=O)C(C2=N[C@H]3C=C(O)C(C4=NC5=CCC(C=NCN)=CC5=CN4)=CC3=C2)=C1 Pocket2Mol 4V01 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44976 Cc1cnc(C)c(C2=NC(=O)C(C3=N[C@H]4C=C(O)C(C5=NC6=CCC(C=CCO)=CC6=CN5)=CC4=C3)=C2)n1 Pocket2Mol 4V01 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44977 COc1ccc2c(c1)C(=O)NC1=C(C)CC(c3ccc(C)cc3)CC12 Pocket2Mol 5F9B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44978 O=c1c2c(O)cccc2cc2ccccn12 Pocket2Mol 5F9B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44979 O=c1[nH]c2ccc(Oc3ccccc3)cc2cc1C1=C=C(F)C=C1 Pocket2Mol 5F9B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44980 O=c1[nH]c2ccc(Oc3ccccc3)cc2cc1-c1ccc(F)cc1 Pocket2Mol 5F9B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44981 Oc1cc2ccccc2c2ccccc12 Pocket2Mol 5F9B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44982 Cc1cn2c3ccccc3c(=O)n(C)c2c1C Pocket2Mol 6F9V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44983 NCc1ccc2c(c1)C(=O)NC(C(=O)O)C2O Pocket2Mol 6F9V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44984 OC1=NCN=C(CC(Cc2ccccc2)c2ccccc2)N1 Pocket2Mol 6F9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44985 Cc1ccn2c3ccccc3c(=O)n(C)c12 Pocket2Mol 6F9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

44971 to 44985 of 73725 items. Total 4915 pages.