DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48991 CC1=C=C(c2ccccn2)C=C1 Pocket2Mol 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48992 CC=Cc1ccc(O)cc1C Pocket2Mol 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48993 Nc1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48994 CN1CC2=C(NC(=O)c3ccccc3)C=CN3C2=C2C1=NCc1ncc4cccc3c4c12 Pocket2Mol 4ZZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48995 CN1CC2=C(NC(=O)c3ccccc3)C=CN3C2=C2c4c(ncc5cccc3c45)CNC21 Pocket2Mol 4ZZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48996 CCC1CCN(c2ccn3c4cccc5cnc6[nH]cc7c(c3c2c(=O)n7C)-c6c54)CC1 Pocket2Mol 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48997 CC1=Nc2c(O)ccc3c(=O)[nH]c(=O)n(c23)C1 Pocket2Mol 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48998 OCC1NC2c3ccc(O)cc3Oc3ccc4c(c32)C1CCC4 Pocket2Mol 5ZYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48999 Oc1ccc2c(c1)Oc1ccc3c4c1C2NC(O)C4C(O)CC3 Pocket2Mol 5ZYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49000 Oc1ccc2c(c1)Oc1ccc3c4c1C2=CC(O)C4C(O)CC3 Pocket2Mol 5ZYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49001 Oc1ccc2c(c1)Oc1ccc3c4c1C2CCC4C(O)CC3 Pocket2Mol 5ZYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49002 CC1=CCC(c2ccc(Cl)c(F)c2)=N1 Pocket2Mol 6ROT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49003 CC1=NCC(c2ccc(C)c(F)c2)=N1 Pocket2Mol 6ROT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49004 Cc1cnc(-c2ccc(F)c(F)c2)s1 Pocket2Mol 6ROT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49005 Cc1c[nH]c(-c2ccc(Cl)c(F)c2)n1 Pocket2Mol 6ROT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

48991 to 49005 of 73725 items. Total 4915 pages.