DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
50236 C=C1CN(C(=O)C(F)(F)F)c2cccc(C)c2C1=O Pocket2Mol 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50237 O=C1C=C2c3ccccc3C=C3C(=O)CCC(C1)C32 Pocket2Mol 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50238 c1ccc2c(c1)CCC1CCCC21 Pocket2Mol 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50239 Nc1nc2c3c(n1)nc1cc4cnc5c6c4c4c(cc(c3c14)N1CCCC21)OC(C(=O)N1CCOCC1)C6=CN=5 Pocket2Mol 6QAU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50240 CNc1ncnc2nc3cc4c(c5c(Oc6ccccc6)ccc(c12)c35)=NC(C)=CC4 Pocket2Mol 6QAU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50241 O=C1N=Cc2cc3nc4nccc5c4c4c(cc6c(c2=C1CC(C(=O)N1CCOCC1)O6)c34)N1CCCC51 Pocket2Mol 6QAU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50242 O=C1N=C(O)c2cc3nc4nccc5c4c4c(cc6c(c2=C1CC(C(=O)N1CCOCC1)O6)c34)N1CCCCC51 Pocket2Mol 6QAU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50243 NC1=Nc2cc3c4c5c(cc6nc(N)c(c2c64)C1)CCC1N=CN=C(C(=O)O3)C=51 Pocket2Mol 6QAU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50244 O=C(O)c1cnc2c3c1OC1c4c(cccc4C3C=CO2)OC2C3=CC(=O)C4CC=CCC4=C3CN21 Pocket2Mol 4O0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50245 O=C(O)c1cnc2c3c1NC1N=C(C4CCN=C5C=C(Cl)CC=C54)Oc4ccc(O)c(c41)C3C=CO2 Pocket2Mol 4O0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50246 CC1=CC2N=CCC(C3=NC4Nc5c(C(=O)O)cnc6c5C(C=CO6)c5c(O)ccc(c54)O3)C2=CC1 Pocket2Mol 4O0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50247 C1=CC(c2ccccc2)c2cc(-n3cccn3)cnc2O1 Pocket2Mol 4O0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50248 Oc1ccccc1O Pocket2Mol 5N2T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50249 CC(C)Cc1cccc(C(=O)O)c1N Pocket2Mol 5N2T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50250 CC(C)Cc1cncc(C(=O)O)c1N Pocket2Mol 5N2T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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