DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
50641 Cc1ncco1 Pocket2Mol 5L9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50642 CCC(=O)NCC(O)CC1=C(O)CC(C=O)=N1 Pocket2Mol 5L9L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50643 Nc1ccc(N2Cc3c(ccc(F)c3F)-c3cncnc32)nn1 Pocket2Mol 4Q19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50644 Nc1ccc(N2Cc3cc(F)ccc3-c3cncnc32)nc1 Pocket2Mol 4Q19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50645 Nc1ccc(N2c3ncncc3-c3cccc(F)c3C2O)nn1 Pocket2Mol 4Q19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50646 Oc1ccc(N2Cc3c(ccc(F)c3F)-c3cncnc32)nc1 Pocket2Mol 4Q19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50647 Nc1ccc(N2c3ncncc3-c3cccc(F)c3C2O)nc1 Pocket2Mol 4Q19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50648 Oc1ccc(N2Cc3cc(F)ccc3-c3cncnc32)nc1 Pocket2Mol 4Q19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50649 Nc1ccc(N2Cc3c(ccc(F)c3F)-c3cncnc32)nc1 Pocket2Mol 4Q19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50650 COC1CC=C2c3cncnc3N(c3ccc(O)cn3)CC2C1 Pocket2Mol 4Q19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50651 CC1C=CC=C1c1cc2n(c1)-c1[nH]c(=O)c3c(ncc4occc43)c1N1C=CC=CC21 Pocket2Mol 6FTP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50652 Cc1ccccc1-c1cc2n(c1)-c1[nH]c(=O)c3c(ncc4occc43)c1N1C=CC=CC21 Pocket2Mol 6FTP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50653 O=c1[nH]c2c([nH]c(=O)c3c(-c4nc[nH]n4)c(-c4ccccc4)cn32)c2ncc3ccccc3c12 Pocket2Mol 6FTP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50654 Cn1ccc2cn3c4[nH]c(=O)c(C(N)=O)c5ncc6n(c(c3c2c1=O)=[SH]C=6)-c54 Pocket2Mol 6FTP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50655 O=C(O)Nc1cc2c3c(ccnc3c1)C(O)C1c3ccccc3CCN21 Pocket2Mol 3WHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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