Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
51136	Cc1cc2c(c(C(=O)N(C)C)c1)Nc1c(c3ccccc3c3ccc(CC=CC[C@H](C)O)cc13)CN2	Pocket2Mol	4YMQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51137	CCCC1=C[C@@H]2C[C@H]3[C@@H]4CC(C)=CC=C4Cc4ccc(C)cc4[C@H]3O[C@@H]2C=C1C=Cc1ccc(O)cc1	Pocket2Mol	4YMQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51138	CCC1C=C2C3=CC4=C5C(=C(C)C4)Cc4ccc(C)cc4CC5N3C(=O)CC2c2ccc(C(=O)O)cc21	Pocket2Mol	4YMQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51139	Cc1ccc2c(c1)C1OC(C)CC1c1ccccc1C2	Pocket2Mol	4YMQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51140	OCC=C1C[C@@H]2C[C@]3([C@@H]4C=CC=CC4)C[C@H]4C[C@@H]3[C@@H]2[C@@H]1O4	Pocket2Mol	6NWL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51141	CC12CCc3c(C(=O)O)cccc3C1CCC21CCC(=O)N1	Pocket2Mol	6NWL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51142	O=C(O)C=C1[C@H]2[C@@H]3C[C@]4([C@@H]5C=CC=CC5)[C@H]2[C@H]2C[C@@H]4[C@@H]3[C@@H]1O2	Pocket2Mol	6NWL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51143	OCC=C1C[C@@H]2C[C@]3(C4CCCCC4)C[C@H]4C[C@@H]3[C@@H]2[C@@H]1O4	Pocket2Mol	6NWL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51144	Cc1cc2c(cc1O)CCC(C1CN(O)CC3C(=O)NC(=O)N=C31)C2	Pocket2Mol	6EED	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51145	Cc1ccc2c(c1)CCC(C1CN(O)CC3C(=O)NC(=O)N=C31)C2	Pocket2Mol	6EED	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51146	Cc1ccc2c(c1)CC(C1CN(O)CC3C(=O)N(C)C(=O)N=C31)C=C2	Pocket2Mol	6EED	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51147	O=C1N=C2C(CN(O)CC2C2CCc3cc(Cl)c(Cl)cc3C2)C(=O)N1	Pocket2Mol	6EED	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51148	c1ccc(-c2cccnc2)cc1	Pocket2Mol	6EED	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51149	Nc1ncnc2c1NCC(c1ccc3c(c1)C1=CC(=O)N4CC=CC=C4N1COC3)O2	Pocket2Mol	5ULP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51150	Nc1ncnc2c1CCC(c1ccc3c(c1)C1=CC(=O)N4CC=CC=C4N1COC3)O2	Pocket2Mol	5ULP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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