DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51346 CN=Cc1cc2cc(C)ccc2nc1-c1cc(NC)[nH]n1 Pocket2Mol 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51347 CCCc1cccc(C2CCC(C)C(C(=O)NO)C2=O)c1 Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51348 Cc1ccc(C2C=C3N=CC(C(N)=O)=CN3C(=O)C2)cc1 Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51349 Cc1cc(C2=CCC=N2)ccc1C1NCC(C)(O)NC1O Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51350 Cc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)O)c(N)nc3c2)cc1 Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51351 NC(=O)c1cc2cnc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2nc1N Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51352 CN=Cc1cc2cc(O)ccc2nc1-c1nnc(N)[nH]1 Pocket2Mol 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51353 CN=Cc1cc2cc(C)ccc2nc1C1=NNC(N)=NN1 Pocket2Mol 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51354 CC1=C(CC(=O)O)C=C2CC(=O)CC[SH]21 Pocket2Mol 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51355 CCOc1cccc2c1OC1CCOC23CC(N)CC13 Pocket2Mol 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51356 CC1=CC(O)=C(c2ccc3[nH]c(=O)c(N)nc3c2)OC1 Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51357 CCc1cc2c(cc1NC(=O)C(=O)NC)CCC(O)O2 Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51358 CCC(C)n1cc2cc(C)cc(OP(=O)(O)O)c2cc1=O Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51359 Cc1ccc(-c2cc3nc(N)c(C(=O)O)cc3cn2)cc1 Pocket2Mol 1R1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51360 O=c1c2c(oc3ccccc13)CCC1(O)CCC(O)C21O Pocket2Mol 1R1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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