Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
57691	NC1CCN(C2=C(O)C(O)=C(O)C2O)CC1CF	SBDD	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57692	CC1NC1C1CN(C2CCC(=O)C2O)CCC1=N	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57693	O=C(CO)NCCN1C(=O)NCC2(F)CC12	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57694	NC1CCN(C2CC3OC3C(O)C2O)CC1=C=O	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57695	CC(F)C1C(=O)NC(CC2=CC3OC3O2)=CC1N	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57696	N=C1CCN(C2CCCCC2O)CC1C1CN1	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57697	CC(F)C1CN(C(=O)C2CCCC2)CCC1=N	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57698	O=C(CO)NCC(=O)N1CCNCC1CF	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57699	NC1CCN(C2CCC(=O)C2O)CC1CO	SBDD	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57700	NC1CC(F)CC1N1C(=O)C(C(=O)O)NC2OC21	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57701	NC1CN(c2ccccc2C(=O)O)CC2(CC2)C1	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57702	NC1CCN(C(=O)C(O)C(O)CO)CC1C=O	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57703	CC(CC[C@@H](N)[C@H](C)N)=N[C@H](C)O	SBDD	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57704	O=C(O)C1NC2OC2N(C2CCC(F)(F)C2)C1=O	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
57705	O=CC(O)C(O)C(=O)NCC1C2CC(CF)CN12	SBDD	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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