DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
62506 CC1NC(C=O)C(OCCC(CO)OC2CO2)CC1O SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62507 CC=Nc1ccccc1OC[C@H](CO)N[C@@H](C)CO SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62508 CC1NC(C=O)C2=C(Oc3ccccc3O2)C1O SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62509 CC(NC(CO)COc1ccccc1)C(O)C=N SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62510 CC(CO)OC(CO)CCOC1CC(O)C(C)NC1C=O SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62511 CC1NC(CO)C(OC2/C=C/CCCC3NC3C2)CC1O SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62512 COC(=CC1C[C@H]2C[C@]23N[C@@H](C)[C@@H](O)C[C@H]3O1)CO SBDD 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62513 C[C@@H](CO)N[C@@H](C)COCC=C1CCC(=N)O1 SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62514 CC(CO)NC(C=O)COC1/C=C/C=C\CCC2NC2C1 SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62515 CN1CCC(NC(CO)COc2ccccc2F)C(O)C1 SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62516 CC1NC(C)C(OC2=CC=CC2)C(OC2CO2)C1O SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62517 CO[C@@H](C=CCC=C1O[C@@H]2C[C@H](O)[C@H](C)N[C@H]2[C@H]1O)CO SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62518 CC(O)CNC1CC1O SBDD 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62519 CC1NC2C(CC1O)OC(CC1CCC(=N)O1)C1OC21 SBDD 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
62520 CC1NC(CO)C(OCCC2COCCO2)CC1O SBDD 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

62506 to 62520 of 73725 items. Total 4915 pages.