Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63586	Cc1cn2c(n1)C(CCCCCN(C)C)=CN1C(C)/C=C\C(C)N(C3CN3)CC12	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63587	C=CCCCCCC1=CC2N(C=CC3=c4ccncc4=CNN32)C(C)=N1	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63588	CCN1C=C[C@H](CCC=NC2C=C2)n2nc(C3CC3)cc21	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63589	CC1N=C(NC(=O)CC2CCOC2)C=c2n3c(c4oc=4n21)=c1ccncc1=CN3	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63590	CC1=NC(CCCC2CCCC2)=CC2N3NC=c4cnccc4=C3C3=C(O3)N12	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63591	CC1=NC(CC2CCCC2C)=CC2N3NC(C)=c4cnccc4=C3C3=C(O3)N12	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63592	CC1=NC(CCCC(=O)N2CC2C)=CC2N3NC=c4cnccc4=C3C3=C(O3)N12	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63593	CC1=CC2N(C=C1)C(CN1CC1CO)=CC(=O)N2C1CO1	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63594	CC1N=C(NC(=O)CC2=CN=CC2)C=c2n3c(c4oc=4n21)=c1ccncc1=CN3	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63595	CC1=NC(CCCC(C)C2CO2)=CC2N1C=NC1=c3ccncc3=CNN12	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63596	C=CCCCC(=O)Nc1cc2n3c(c4oc=4n2c(=C)n1)=c1ccncc1=CN3	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63597	COCCNC1=NC(C)n2c3oc=3c3n(c2=C1)NC=c1cnccc1=3	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63598	CCCCCCCC1=CC2N(C=CC3=c4ccncc4=CNN32)C(C)=N1	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63599	CC(=CCNC1=NCn2c3oc=3c3n(c2=C1)NC=c1cnccc1=3)CN1CC1	SBDD	5L8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63600	C1=CNCNC1	SBDD	5L8Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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