Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70831	CCCC1CC2C(F)C=CC3c4ccc(C)cc4C4(O)C=CC=C1N2C34	TargetDiff	5NBW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70832	CC1CC2=C3/C(=C4/CC=C5C6=C(C(F)C(CC5O4)C(O)CC4CC=NC5C1C3N45)C(C(F)F)C(F)=CC6)CC2	TargetDiff	5NBW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70833	CC1C2CCON2C2=CC3=C=C(C(OCC4=CCC=CC4)C4CN(CNC(=O)N4)C4=C(C3)C(F)=C(F)C4)N21	TargetDiff	5NBW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70834	CC(O)(F)C1=C2CC(C1)OC1=C3NC(=O)C(=C3CC1)CCC(=O)NCc1cccc(c1)C1CN=NC(=N1)O2	TargetDiff	5NBW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70835	CCC1C=CC=C(C(O)(F)F)C=C1NCCC(O)(O)CC(COOCC1C=CC(F)C(F)=C1F)CN([O])[O]	TargetDiff	5NBW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70836	OC1C=C2CNC3=C2C2=C4C(CCC41)N=CC2CN3CC(F)(F)F	TargetDiff	5NBW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70837	O=C1OC(C2COCCO2)NC(O)(c2ccccc2)CC(C2C=CCC(F)=C2)C1O	TargetDiff	5NBW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70838	OC1(O)C=CC2=c3c(oc4c3=C1C=CCC=4)=CCC=C2	TargetDiff	5G4M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70839	O=C(N=C1C=CC=CC1c1ccccc1)c1ccc(N[C@@H]2CCCN2)cc1	TargetDiff	5G4M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70840	CN(C)C1=CC(=N)Cc2cc(F)ccc21	TargetDiff	5G4M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70841	O=C(N=C1CC(O)=CC=C1c1cccnc1)NC1CCCCC1	TargetDiff	5G4M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70842	C1=C2Cc3cccc4c3C2C2=C3C(=NCCC3NC2=N1)OCC1=C4CN2COCC12	TargetDiff	5G4M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70843	O=C(N=CO)C(=Nc1ccc2c(c1)NN1CNCN21)NC1=CCC(F)=CC=C1	TargetDiff	5G4M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70844	COC1Cc2cccc3c2N1N(C(=O)Nc1ccccc1)N1CCCC31	TargetDiff	5G4M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70845	FC1=C2C(=NOC(F)=C2F)COC1	TargetDiff	5G4M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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