DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19291 Cc1ccc(C)c(C(=O)NCC2CCN(c3ccccn3)CC2)c1 AlphaDrug 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19292 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccc4nc(NCc5ccccc5)nn4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19293 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)c3cccc(C(=O)NC(Cc4c[nH]c5ccccc45)C(=O)O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19294 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccc(C(=O)NCc4ccc(Cl)cc4)cc3)CC2)c(C(=O)NCCN2CCN(c3ccccc3)CC2)c1 AlphaDrug 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19295 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccc(NC(=O)Nc4cc(N)cc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)c(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19296 COc1ccccc1C(=O)C(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)c1cccc(C(=O)N2CCN(c3ccc(C)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19297 Cc1cc(O)cc2oc(N3C=CN(C(=O)c4ccc(Cl)cc4)CC3)nc12 AlphaDrug 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19298 Cc1ccc(N)c(C2CCN(c3nnn(Cc4ccc(C(=O)O)cc4F)c3C)CC2)n1 AlphaDrug 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19299 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(N3CCCC3)nc3ccc(C(F)(F)F)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19300 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19301 NS(=O)(=O)c1ccc(-c2nc(-c3ccc(Cl)cc3)no2)c(C(=O)O)n1 AlphaDrug 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19302 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3cccc(OCC(F)(F)F)c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19303 NS(=O)(=O)C1CCN(c2nc3ccc(Cl)cc3[nH]2)CC1 AlphaDrug 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19304 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)nc(N3CCOCC3)n2)cc1 AlphaDrug 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19305 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19291 to 19305 of 73725 items. Total 4915 pages.