DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19336 Nc1nc(-c2ccc3oc(C(=O)NCCCCC(=O)O)cc3c2)c(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)s1 AlphaDrug 4PSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19337 Nc1nc(-c2ccc(-c3ccc(O)cc3)cc2)c(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)s1 AlphaDrug 4PSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19338 Cc1cc(CNC(=O)Nc2ccc(N3CCNCC3)cc2)cc(-c2ccc(C(=O)NCCO)cc2)c1 AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19339 Cc1cc(OCC2CCCN2C(=O)NC(=O)c2ccc(Cl)cc2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19340 Cc1cc(OCc2ccc(-c3ccccc3C(N)=O)cc2)cc2ncn(Cc3ccccc3)c12 AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19341 Cc1cc(C(=O)NCC(=O)O)ccc1NC(=O)Nc1nnnn1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19342 CS(=O)(=O)N1C=CN(c2ccc(NC(=O)Nc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19343 Cc1cc(C(=O)NCCO)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCNCC2)cc1 AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19344 Cc1ccc(-n2nc(C(=O)NCCO)cc2-c2ccc(CN3CCNCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19345 Cc1cc(-c2nnn(C)c2-c2ccc(C(=O)NC3CC3)c(Cl)c2)ccc1NC(=O)Nc1cc(F)cc(CO)c1 AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19346 Cc1cc(OCC2CC2)cc(OC2CCN(c3ncc(-c4ccc(C(=O)NC5CC5)cc4)cn3)CC2)c1 AlphaDrug 6HRQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19347 CC(=O)NC1(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CCN(c2ccc(-c3ccc(C)c(C(F)(F)F)c3)cn2)CC1 AlphaDrug 5G4O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19348 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(CNC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5G4O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19349 CC(=O)Nc1cccc(C)c1C(=O)NC(=O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5G4O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19350 CC(=O)NCCC1CCN(c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 5G4O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19336 to 19350 of 73725 items. Total 4915 pages.