DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19381 COc1ccc(C(Cc2ccccc2)NC(=O)OC(=O)C2CC3CCC2C(OC(C)=O)C(C)(C)N3C)cc1 AlphaDrug 6E5L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19382 COc1ccc(Cc2nc3c(N(C)C)ccc(NC(C)C)c3n2C(C)C)cc1OC AlphaDrug 6E5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19383 COc1ccc(C(Cc2ccccc2F)NC(=O)OC(CN2CCOCC2)C(=O)NC(C)C(C)C(C)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6E5L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19384 COc1ccc(C(Cc2ccccc2C(N)=O)C(=O)NCC(C)NS(C)(C)C(C)C(C)C(C)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6E5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19385 COc1ccc(C(Cc2ccccc2-c2cccc(C(=O)O)c2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6E5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19386 COc1ccc(C(Cc2ccccc2-c2ccccc2C(=O)O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6E5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19387 Cc1c(F)cc(-c2cc(-c3cnc4ccccc4c3-c3cnc[nH]3)ccc2OC(F)F)cc1F AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19388 Cc1c(F)cc(-c2cnc3ccccc3c2)cc1-c1ccc(NC(=O)c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19389 Cc1c(F)cc(C(F)(F)F)cc1-c1ccc(NC(=O)c2ccccc2)c(O)c1 AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19390 Nc1ccc(-c2csc3c(-c4cnc[nH]4)cccc23)cc1 AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19391 CC(=O)c1cc(F)c(C)c(-c2ccc3cc(C(=O)O)[nH]c3c2)c1 AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19392 Cc1c(Cl)cccc1-c1csc2c(-c3cnc[nH]3)cccc12 AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19393 Cc1c(F)cc(-c2cnc3ccccc3c2)cc1-c1ccc(NC(=O)c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19394 Cc1c(F)cc(C(=O)O)cc1-c1ccc(NC(=O)c2cccc3c(C#N)ccnc23)c2ccccc12 AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19395 Cc1c(F)cc(-c2cnc3ccccc3c2)cc1-c1ccc(NC(=O)c2cccc3[nH]ccc23)cc1 AlphaDrug 6DGR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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