DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19366 O=C(CCCn1cc(C2=C(/C3=C/N(c4ccccc4)CCOCCNCC3)C(=O)NC2=O)c2ccccc21)NO AlphaDrug 6EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19367 CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(-c3cc(-c4cnnn4-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)ccn3)cc2)c1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19368 CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(-c3cc(C(=O)NCC(F)(F)F)ccc3C)cc2)c1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19369 CCC(=O)NCc1ccc(Cl)c(-c2ccnc(-c3ccc(-c4cccc(NC(C)=O)c4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19370 CC(=O)Nc1cccc(-c2nc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c(-c3ccc(N4CCN(C)CC4)cc3)[nH]2)c1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19371 CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)n3)cc2)c1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19372 CC1CN(C(=O)c2ccc(F)c(Cl)c2)CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19373 CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(-c3cc(-c4cnc(N)c(Cl)c4)ccn3)cc2)c1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19374 CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(-c3cc(-c4ccnn4CC(C)(C)C(=O)O)ccn3)cc2)c1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19375 CC(=O)/N=C/Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)nc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19376 CC(=O)Nc1cccc(-c2cc3c(-c4ccc(N(C)C)cc4)c(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)[nH]c3c(N)c2O)c1 AlphaDrug 6AJV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19377 COc1ccc(C(Cc2ccccc2-c2cccc(C#N)c2)N2CCN(C(=O)NC(C)C(C)C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 6E5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19378 COc1ccc(N2CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC2)cc1Oc1c(F)cccc1C(=O)O AlphaDrug 6E5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19379 COc1ccc(C(Cc2ccccc2-c2ccccc2)NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 6E5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19380 COc1ccc(C(Cc2ccccc2-c2cccc(-c3ccccc3)c2)N2CCCC2)cc1 AlphaDrug 6E5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19366 to 19380 of 73725 items. Total 4915 pages.