DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
22981 CC(=O)N1CCC(c2ccc(N3CCC(C(=O)NCc4ccccc4)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22982 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=C3CCN(C(=O)C4CCCCC4(F)F)CC3)c3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22983 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(N4CCC(C(=O)NC5CCCCC5)CC4)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22984 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc4c(C)cccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22985 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(N4CCNCC4)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22986 CC(C)C1CCN(C2C=CN(C(=O)C3CCN(c4ccc(Oc5ccccc5)cc4)CC3)CC2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22987 CC(=O)N1CCC(c2cccc(-c3cccc(NC(=O)C4CC4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22988 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C4CCN(c5ncnc6ccccc56)CC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22989 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C4CCN(CC5CC5)CC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22990 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C4CCN(C(=O)CC5CC5)CC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22991 CC(=O)N1CCN(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(Oc5ccccc5)cc4Cl)CC3)CC2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22992 CC(=O)N1CCC(Oc2ccc(C(C)(C)NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22993 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(-c4ccccc4)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22994 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22995 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C4CCNC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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