DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
22996 CC(=O)N1CCC(c2cccc(C(C)(C)NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22997 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(C)(C)C3CCC(c4ccccc4)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22998 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc4c3cc(C)n4C)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22999 Cc1c(NC(=O)c2ccc(N3CCC(C(C)C)CC3)cc2)cc(N2C=CCC3(CCOCC3)CC2)nc1N AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23000 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc4c3CCCC4)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23001 CC(C)(O)CNC(=O)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(c4ccc5ncccc5c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23002 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(N4CCCC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23003 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23004 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C3CN(C(=O)C4CCCCC4)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23005 Cn1c(-c2ccccc2)cc2cc(NC(=O)c3ccc(C(=O)NCC(C)(C)O)cc3)ccc21 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23006 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(C)(C)C(=O)NC3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23007 CC(=O)N1CCC(c2ccc(N3CCN(C(=O)C4CCC(NC(=O)c5cccc(C(F)F)c5)C4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23008 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(-c4cccc(NS(C)(=O)=O)c4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23009 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C4CCN(CC5CCCCC5)CC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
23010 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C4CCNCC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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