Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
31186	C=C(CC)CC1CCC2CC(C)C(C3=CC=CC(C=O)=NC3)CC1C2	GraphBP	5W1E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
31187	CC(COC1CC1)C12C(C3CC3)C1N2C1C(CO)CC1CNC1C2CN21	GraphBP	5W1E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
31188	COCCCC1NC1N	GraphBP	5W1E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
31189	C=CCC(O)CC1CC2(CCCS2)C1CCC1CC2CCC(CCCC(CO)C(=C)CCCC3CCC(C4(O)CC4)CC3)C1C2	GraphBP	5W1E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
31190	CCC1CCOC1CC1CCC=CCO1	GraphBP	5W1E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
31191	CC(CCCCl)OCC(CCNCC(C)(O)C1CC1)C(F)COC=O	GraphBP	5W1E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
31192	CC12CC(CO)C(O)CC1C2	GraphBP	5W1E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
31193	O=C1CN=c2c(c3c(c4nc5cc(C(=O)O)ccc5cc24)=NNC3=O)C1	Pocket2Mol	4YTC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31194	NC(=O)c1ccc2cc3c(nc2c1)CC(C(=O)O)=C1C=CN=C13	Pocket2Mol	4YTC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31195	O=C(O)c1ccc2cc3c4c(c5c(c3nc2c1)=NNC5=O)C(O)=C=CN=4	Pocket2Mol	4YTC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31196	CC1N=c2c(c3c(c4nc5cc(C(N)=O)ccc5nc24)=NN=C3)C=C1O	Pocket2Mol	4YTC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31197	N=C(N)c1ccc2cc3c4c(c5c(c3nc2c1)=NNC5=O)CCC(=O)N=4	Pocket2Mol	4YTC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31198	CC1=CC(=O)c2cccc3c2N(C1)C1=CC=C(C(=O)O)CN13	Pocket2Mol	4YTC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31199	CC(O)c1cc2oc3c(O)c(O)ccc3c(=O)c2cc1O	Pocket2Mol	4CD5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31200	Cc1ccc(O)c(OCC=CC(=O)O)c1	Pocket2Mol	4CD5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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