DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31231 CCCCCCCCCCCCc1ncc2cc(C3=COc4c(ccc5c4COc4c-5cc(O)c5c4CCC(O)C5=O)O3)ccc2n1 Pocket2Mol 6HAI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31232 O=C(O)CCCCCCCCCCc1ncc2cc(C3=COc4c(ccc5c4COc4c-5cc(O)c5c4CCC(O)C5=O)O3)ccc2n1 Pocket2Mol 6HAI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31233 O=C1C(O)=CCc2c3c(cc(O)c21)-c1ccc2c(c1CO3)OC=C(c1ccc3nc(CCCCCCCOCCO)ncc3c1)O2 Pocket2Mol 6HAI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31234 NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1 Pocket2Mol 5O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31235 NC(=O)S(=O)(=O)N1CCCC1 Pocket2Mol 5O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31236 Cc1ccc(S(N)(=O)=O)cc1 Pocket2Mol 5O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31237 NS(=O)(=O)c1cccc(F)c1 Pocket2Mol 5O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31238 NC(=O)S(=O)(=O)n1cccc1 Pocket2Mol 5O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31239 Nc1nccs1 Pocket2Mol 5O07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31240 Nc1cc[nH]c(=O)c1C(=O)O Pocket2Mol 5O07 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31241 O=C(O)c1c(O)ccoc1=O Pocket2Mol 5O07 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31242 C/C1=C\c2cocc2-c2cccc(c2)-c2nc(ccc2F)CCCCCOC1=O Pocket2Mol 6MJI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31243 CC1=CC2C(=C1)C=Cc1cc3ccccc3cc12 Pocket2Mol 6MJI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31244 Cc1c(O)ccc2ccc(-c3coc4ccc(-c5ccccc5F)cc34)cc12 Pocket2Mol 6MJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31245 CC1CCCC/C=C/c2cccc3cc4ccc5ccc(cc5c4cc23)OCC1 Pocket2Mol 6MJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31231 to 31245 of 73725 items. Total 4915 pages.