DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31906 O=C1Nc2ccccc2S(=O)(=O)N1 Pocket2Mol 6GOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31907 O=c1ncn(Cc2ccccc2O)c2ccccc12 Pocket2Mol 6GOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31908 NS(=O)(=O)c1cccc(CN2CN=Cc3cc(O)ccc32)c1 Pocket2Mol 6GOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31909 CC1(O)CCN(S(=O)(=O)NO)C1 Pocket2Mol 6GOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31910 O=c1nc[nH]c2[nH]c(-c3c(-c4ccccc4)c4n5c3CCCC5CCC4)cc12 Pocket2Mol 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31911 NC1=CN2c3c(cncc3C(=O)n3c4cccc(O)c4c4cccc2c43)C1 Pocket2Mol 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31912 O=c1ccn2c3cccc4c5c(O)cccc5n(c(=O)c5cncc1c52)c43 Pocket2Mol 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31913 CCc1c(-c2cc3c(=O)nc[nH]c3[nH]2)c2c(n1CCO)NC=CC1=C=CN=C12 Pocket2Mol 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31914 CCc1c(-c2cc3c(=O)nc[nH]c3[nH]2)c2c(n1CCO)NC=CC1=CCN=C12 Pocket2Mol 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31915 CC1=C=Nc2ncc3c(c21)Nc1cccc2c4cnccc4n(c12)C3=O Pocket2Mol 5IA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31916 CC1=C=Nc2ncc3c(c21)Nc1cccc2c4cncc(CO)c4n(c12)C3=O Pocket2Mol 5IA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31917 Cc1cccc2c1C1OCCc3cccc4ncc(c1c34)C2O Pocket2Mol 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31918 CC1CCC2=C1C1OCCC3=C4C1=C(CCC4C(C)C3)C2O Pocket2Mol 4PFU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31919 Cc1nccc2c1C1OCCc3cncc4ncc(c1c34)C2O Pocket2Mol 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31920 Cc1nccc2c1C1OCCc3ccnc4ncc(c1c34)C2O Pocket2Mol 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31906 to 31920 of 73725 items. Total 4915 pages.