DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31951 O=CNCCO Pocket2Mol 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31952 CC1C(O)CCN1C1CC(C(=O)O)CC1C(=O)O Pocket2Mol 5NWE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31953 CC1CC2C(C)NC(=O)C3CC(O)C(O)C(O1)C32 Pocket2Mol 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31954 CCOC1C(=O)C(C(=O)O)CNC2CCC(O)C21 Pocket2Mol 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31955 O=C1NC2CCOC3C(O)C(O)=CCN(C1=O)C23 Pocket2Mol 5NWE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31956 O=C(O)C1CC(C(=O)O)C(N2CCC(O)C2)C1O Pocket2Mol 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31957 O=C1NC2CCOC3C(O)C(O)=CCC(C1=O)C23 Pocket2Mol 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31958 CC(CO)(NC1OC(C(=O)O)CCC1O)C(=O)O Pocket2Mol 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31959 O=C(O)C1CC(C(=O)O)C(N2CCC(O)C2)C1 Pocket2Mol 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31960 O=C(O)C1CC(C(=O)O)C(N2CCC(=O)C2O)C1 Pocket2Mol 5NWE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31961 O=C1NC2CCOC3C(O)C(O)=CC=C(C1=O)C23 Pocket2Mol 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31962 O=C1NC2CCOC3C(O)C(O)C(O)C(C1=O)C23 Pocket2Mol 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31963 FC(F)(F)c1cccc(Nc2ncc(C=Cc3ccsc3)n2-c2ccccc2)c1 Pocket2Mol 5ALB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31964 C1=CCC(c2c[nH]c3ncnc-3c2)=C1 Pocket2Mol 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31965 COc1ccc2c3ccccc3n3c(Nc4ccc(C)cc4C)nnc3c2c1 Pocket2Mol 5ALB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31951 to 31965 of 73725 items. Total 4915 pages.