DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31996 O=C1C2CN(/C=C3/C=Nc4ncc5ncn1c5c43)c1ccc3cc4ccc(=O)oc4cc3c1O2 Pocket2Mol 5I3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31997 O=C1C2CN(/C=C3/C=Nc4ncc5ccn1c5c43)c1ccc3cc4ccc(=O)oc4cc3c1O2 Pocket2Mol 5I3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31998 O=C1C2Oc3c(ccc4cc5ccc(=O)oc5cc34)-n3cc4cnc5ccc6ncn1c6c5c4c32 Pocket2Mol 5I3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31999 O=C1C2Oc3c(ccc4cc5ccc(=O)oc5cc34)-n3cc4cnc5c(c4c32)-c2c(ncn21)CC5 Pocket2Mol 5I3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32000 COC1N=CC2=CN3c4ccc5cc6c(cc5c4C=C4C(=O)N(C)CC1=C2C43)OCC(=O)C6 Pocket2Mol 5I3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32001 O=C1C2Oc3c(ccc4cc5ccc(=O)oc5cc34)-n3cc4cnc5ccc6c(c5c4c32)N1CC6 Pocket2Mol 5I3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32002 CC(=O)Nc1c(C2=CCC=CN2O)cc(O)c2c1[nH]c(=O)c1c3c(ccc12)Oc1ccccc1C3 Pocket2Mol 6IF0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32003 Cc1ccccc1Oc1ccc2c(c1)c1ccc3c4c1c1c5c(cc(O)c21)C(O)(C(=O)O)CCN5CC4CO3 Pocket2Mol 6IF0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32004 CC(=O)C1(C)CCN2CC3COc4ccc5c6cc(Oc7ccccc7C)ccc6c6c(O)cc1c2c6c5c43 Pocket2Mol 6IF0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32005 c1ccc2cnccc2c1 Pocket2Mol 6IF0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32006 C1=CC2=CNCn3ccnc3C2=C1 Pocket2Mol 5II2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32007 CN1CC2=CCCCC2CC1=O Pocket2Mol 5II2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32008 OCn1ccnc1C1=CC=CC1 Pocket2Mol 5II2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32009 OCC1=CCC=CC1=C1C=CC=C1 Pocket2Mol 5II2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32010 CC=C1C=CC(=O)N(C)C1 Pocket2Mol 5II2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31996 to 32010 of 73725 items. Total 4915 pages.