DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
32056 CC(=O)n1cnc2ccccc2c1=O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32057 CCn1c(=O)[nH]c(=O)c2nc3c(cc21)c(=O)oc1cc(F)ccc13 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32058 CN1CC2C(=Cc3cc(C(=O)C(=O)O)nc4c(=O)[nH]c(=O)n2c34)N1 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32059 Cc1c(C(=O)O)ncc2c1C(CO)CCC1=C(N)C(=O)NC12 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32060 O=C1NC(c2c(=O)n3ccccc3c3ccccc23)c2cccnc21 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32061 CC(=O)OC1C(NCC(=O)O)C(=O)N2CN=Cc3c2n1c(=O)[nH]c3=O Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32062 Cc1c2c(c(=O)n3ccccc13)C1NC(=O)c3ncnc(c31)CC2 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32063 O=C1NC2C3=C4C(=CCC(=O)C4CC(O)=C3)Cc3ccnc1c32 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32064 O=c1c2c(oc3ccccc13)Oc1c(O)cc(O)cc1C2 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32065 Nc1cc(O)c2c(c1)Cc1c(oc3ccccc3c1=O)O2 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32066 CC1Cc2ccc3c4c(nc5c(=O)[nH]c(=O)n1c5c24)-c1ccccc1O3 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32067 O=C1NC2c3c(ccnc31)CCc1cc3n(c(=O)c12)CC(O)OC3=O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32068 CC(C)n1c2c(nc(CNC(=O)CC(=O)O)c1=O)C(=O)N=C=N2 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32069 O=C1CC(C2CC(CO)=NC3=C2NC=NC3O)CC1O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32070 CC(C)OC1C(NC(=O)C(=O)O)C(=O)N2CN=Cc3c2n1cnc3=O Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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