DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
32086 Cn1c2c3c(c(=O)[nH]c4cncc(c1=O)c43)=C(CC(=O)O)CC2 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32087 O=C1NC(c2c(=O)n3ccc(O)cc3c3ccccc23)c2cncnc21 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32088 CC1Oc2ccccc2-c2nc3c(=O)[nH]c(=O)n(CCC(=O)O)c3cc21 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32089 CN1C[C@H]2C(=CCC(=O)O)C(=O)Nc3cncc(c32)C1=O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32090 COC1=C=C(OC)C(=O)C(C2=C=C(N)C(=O)N2)=C1 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32091 Nc1ncc2ncnc(C3C(O)C(O)C(O)C3O)c2n1 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32092 COC1C=C2CC=C(O)c3[nH]c(=O)c(=O)n(c32)CC1O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32093 O=C1NCc2c3n(c(=O)[nH]c2=O)COC(CO)N13 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32094 CN1C(=O)C2C(=Cc3cc(C(=O)C(=O)O)nc4c(=O)[nH]c(=O)n2c34)N1C Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32095 Cc1c(O)ccc2c1C1OCCOC(=O)C(O2)C1O Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32096 CC1=CC2COCC3C2=C(O1)Oc1c(O)cc(N)cc13 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32097 NC1=C2CC(C(=O)O)=Cc3cc4ccccn4c(=O)c3C2NC1=O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32098 CC1=CC2=CC(=O)C3=CCc4ccc(O)c5c4C3C2=C(O1)O5 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32099 Nc1ccc2c(c1)C1CC(O)COC(O)OC(O)C(O2)C1O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32100 Cc1c(O)cc(O)c2c1Cc1c(oc3ccccc3c1=O)O2 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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