DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
32071 O=c1[nH]c(=O)n2c3cc4c(nc13)-c1ccccc1OC4CCC/C=C\C2 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32072 COC1N(C)C(=O)c2nc3c(=O)[nH]c4ccccc4c3cc2C1(C)C Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32073 COC1C(NCC(=O)O)C(=O)n2c3c(c(=O)[nH]c2=O)CCCN31 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32074 Cn1ccn2c(=O)c3c(c(O)c2c1=O)CCc1ncnc2c1C3NC2=O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32075 c1cnc2nccnc2c1 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32076 CCC1CC(C2=CC(O)C(O)C(O)O2)Oc2cccc(C(=O)O)c21 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32077 CC1OC(C)n2c(=O)[nH]c(=O)c3nc4c(c1c32)CN(C)C(=O)C4 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32078 CC1OC2COC3NC(=O)Cc4nc5c(=O)[nH]c(=O)n1c5c2c43 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32079 CN1NCC2C1Cc1c3c(nc4c(=O)[nH]c(=O)n2c14)C(=O)C(O)=CC3 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32080 O=C(O)CNC1C(=O)n2c3c(c(=O)[nH]c2=O)C=CCN3C12OCC(O)O2 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32081 Cc1cnc2[nH]c(=O)c3nc4c(=O)[nH]c5nc(N)ccc5c4cc3c2c1 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32082 Oc1ccc(C2=Nc3ccc(O)c(O)c3C2)c(O)c1 Pocket2Mol 3V4T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32083 CNC1=C=C(C2=C3C=CC=C=C3C(=O)C(O)=C2)NC1=O Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32084 Cc1c2n(c(=O)[nH]c1=O)C(=O)C(NC(=O)C(=O)O)C1(CC(O)C(O)O1)N2 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32085 Cc1cc(C2=C=C(N)C(=O)N2)c(=O)n2c1C(=O)OC(C)C2 Pocket2Mol 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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