DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
32191 O=C(O)COc1ccc2c(c1)C(n1cc3c4c(cccc4c1=O)CC=C3)CCN2 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32192 O=C(NO)c1cccc(C(C(=O)O)N2CCC3=CC(F)C=CC3C2=O)c1 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32193 O=C(O)C(=O)C(=O)N1COc2ccc3cc4c(ccc5ccccc54)cc3c2C1 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32194 O=C(O)C(=O)O Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32195 Cc1ccc2cc(NC(=O)COC3CCC(O)C(C)(C(=O)O)O3)ccc2c1 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32196 O=C1Nc2ccc(O)nc2C1N1Cc2cccc3c(F)ccc(c23)C1=O Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32197 CC(c1cccc(CCNC(=O)O)c1)N1CCc2cc(F)ccc2C1=O Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32198 Cc1cn(C2CCNc3ccc(OCC(=O)O)cc32)c(=O)c2cc(F)ccc12 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32199 O=C(O)COc1ccc2c(c1)C(N1Cc3cccc4cccc(c34)C1=O)CCN2 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32200 O=C(O)CNC(=O)c1cccc(C(C(=O)O)N2CC=CC3=C(C=CC3=O)C2=O)c1 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32201 C1=C(c2ccccn2)Cc2ccccc2C1 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32202 CCc1ccc2cc3c(cc2c1)C(O)CCC3O Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32203 O=C(O)CCC1OC2=CC(O)c3cc4c5c(ccc4cc3C2OC1=O)CC=CC5 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32204 O=C1NCCC1Cc1ccccc1-c1ccccc1 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32205 CCC1C=Cc2cc(NC(=O)COC3CCC(C(=O)O)O3)c(O)cc2C1 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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