DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
32236 OCC=Cc1cccc2ccccc12 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32237 Cc1ccc(CC(=O)O)c2c1CC(=O)C(C)C2 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32238 O=C(O)C(=O)C(=O)N1COc2ccc3cc(-c4ccccc4F)ccc3c2C1 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32239 Cc1ccc2c(c1)CCN(C(CCc1ccc(O)c(O)c1)C(N)=O)C2=O Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32240 C=C1C(=O)N(C2CCNc3ccc(OCC(=O)NO)cc32)C(=O)c2ccccc21 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32241 Cc1ccc2c(c1)CCN(C(CCc1ccc(O)c(O)c1)C(=O)O)C2=O Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32242 Cc1cn(C2CCNc3ccc(OCC(=O)O)cc32)c(=O)c2ccccc12 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32243 O=C(O)C(O)COc1ccc2c(c1)C(N1CCc3ccccc3C1=O)CCN2 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32244 O=C(O)CC1=CSCC(C(O)N2CCc3cc(F)ccc3C2=O)=C1 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32245 O=C1CCc2c(ccc3cc4c(cc23)C(O)CC2OC(C(=O)O)C(=O)OC42)C1 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32246 C=C1CN(C2CC=CC3NC(Cn4c(=O)[nH][nH]c4=O)N=C32)C(=O)c2ccccc21 Pocket2Mol 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32247 CC1CN(C2CCNc3ccc(OCC(=O)O)cc32)C(=O)c2ccccc21 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32248 O=C1c2cccc3nccc(c23)C(O)N1Cc1cc(O)ccc1F Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32249 O=C(OO)OCc1cccc(C(C(=O)O)N2CC(O)Cc3ccccc3C2=O)c1 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
32250 O=C(O)c1cccc(CO)c1 Pocket2Mol 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

32236 to 32250 of 73725 items. Total 4915 pages.