DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34411 COc1ccc2c(c1)C1=C3C(=CC=CC3C(=O)N1)C2 Pocket2Mol 5I3V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34412 COc1ccc2c(c1)-c1[nH]c(=N)nnc1C(=CO)C2 Pocket2Mol 5I3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34413 COc1ccc2c(c1)C1=C3C(=CCN=C3NC(=O)N1)C2 Pocket2Mol 5I3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34414 COc1ccc2c(c1)-c1[nH]c(=O)nc3cccc(c13)C2 Pocket2Mol 5I3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34415 COc1cccc2cc3c(=N)nccc-3oc12 Pocket2Mol 5I3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34416 COc1ccc2c(c1)-c1c(sc3ncnn13)C(=CO)C2 Pocket2Mol 5I3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34417 Clc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 Pocket2Mol 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34418 c1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 Pocket2Mol 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34419 COc1ccc2ccc(C3=NN=C(C)C3)cc2c1 Pocket2Mol 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34420 Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 Pocket2Mol 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34421 c1ccc(-c2ccc(-c3ccn[nH]3)cc2)cc1 Pocket2Mol 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34422 CCC1C(=O)CC(CC2=CN(C3OCC4NCCCC43)C(=O)NC2)c2nc(CC3=C(C)CC=C3)ccc21 Pocket2Mol 6ORR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34423 N=CC[C@H]1CC[C@@H](CC2=CN([C@@H]3OC[C@H]4NCCC[C@H]43)C(=O)NC2)c2nc(C=CCO)ccc21 Pocket2Mol 6ORR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34424 CCC1C(=O)CC(CC2=CN(C3OCC4NCCCC43)C(=O)NC2)c2nc(CC3=C(C)C=CC3)ccc21 Pocket2Mol 6ORR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34425 NCCC1C(=O)CC(CC2=CN(C3OCC4NCCCC43)C(=O)NC2)c2nc(Cc3ccco3)ccc21 Pocket2Mol 6ORR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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