DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34426 O=C1NCC(CC2Cc3ccccc3-c3ccc(CC4=CN=NC4)nc32)=CN1C1OCC2NCCCC21 Pocket2Mol 6ORR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34427 CN1Cc2cc(C(=O)O)ccc2NC1=O Pocket2Mol 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34428 CC1=C2NCC(c3cccc(Oc4ccc5c(O)c(N)ccc5c4Cn4cccn4)c3)N2CC=C1 Pocket2Mol 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34429 CC1=C2NCC3c4cccc(c4)Oc4ccc5c(O)c(N)ccc5c4Cn4cc(cn4)CCC(C1)CN23 Pocket2Mol 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34430 COc1ccc2c3c(ccc2c1O)Oc1cccc(c1)C1N=C(N)c2ccc(cc21)N1C2c4cccc(c4NC21C)-n1ccc-3n1 Pocket2Mol 6EQV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34431 Cc1cc(CN)ccc1N Pocket2Mol 6EQV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34432 O=C1C=Nc2nc3ccccc3cc21 Pocket2Mol 6GW4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34433 Cc1ccc2ccc(O)cc2c1O Pocket2Mol 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34434 Cc1ccc2cc(O)c(O)cc2c1O Pocket2Mol 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34435 O=C1C=Cc2nc3ccccc3cc21 Pocket2Mol 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34436 O=C1N=C=C(F)c2cc(O)ccc21 Pocket2Mol 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34437 NC(=O)C1=C(C2=CN=C(C3=NCC(N)=N3)C2)N=C(C=O)C1 Pocket2Mol 5NK8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34438 COC(=O)c1cnc2c(-c3ccncc3OC)ncnc2c1 Pocket2Mol 5NK8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34439 CN1CCC2C=C3C(C4=C(C(=O)O)C5C=CC=CC5=N4)=CN=C3C=C21 Pocket2Mol 5NK8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34440 NC(=O)C1=C(C2=CN=C(C3=NCC=N3)C2)N=C(C=O)C1 Pocket2Mol 5NK8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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