DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34531 Oc1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34532 Oc1ccc(Cl)cc1 Pocket2Mol 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34533 Oc1ccccc1 Pocket2Mol 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34534 Cc1c(-n2cc(Cc3cccc(F)c3)ccc2=O)cc(F)nc1O Pocket2Mol 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34535 CC(C)CC1=NCC(=O)N(C2C(=O)C(O)Nc3ncccc32)C1 Pocket2Mol 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34536 O=c1ccc(Cc2cc(F)cc(F)c2)cn1-c1cc(O)ccc1O Pocket2Mol 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34537 Cc1c(-n2cc(Cc3cccc(F)c3)ccc2=O)cc(F)nc1N Pocket2Mol 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34538 O=c1ccc(Cc2cc(F)cc(F)c2)cn1-c1ccc(O)c(O)c1 Pocket2Mol 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34539 O=C(O)C1=NCc2cc(=O)n(-c3cc(O)cnc3O)cc2CC1 Pocket2Mol 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34540 CC1=CC=C2OCc3ccc(F)c4c3C3=C2C1CCN3c1cc(C)cn1-4 Pocket2Mol 6IM4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34541 C=C(C(=O)O)C1Cn2cc(C)nc2-c2ccccc21 Pocket2Mol 6IM4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34542 Nc1cc2n(c1)-c1c(F)ccc3c1C1C4C(=C=CC=C4OC3)CCN21 Pocket2Mol 6IM4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34543 Cc1cc2n(c1)-c1c(F)ccc3c1C1=C4C(=CC=C(O)CC4CN12)OC3 Pocket2Mol 6IM4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34544 Cc1cc2n(c1)-c1c(F)ccc3c1C1=C4C(=CC=C(O)C4CCN12)OC3 Pocket2Mol 6IM4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34545 Cc1cc2n(c1)-c1c(F)ccc3c1C1=C4C(=CC(O)=CC=C4OC3)CN12 Pocket2Mol 6IM4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

34531 to 34545 of 73725 items. Total 4915 pages.