Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
34576	Oc1cnc2c3c(ccc2c1)C1CCCC1CC3	Pocket2Mol	5G2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34577	Oc1cnc2c(c1)Cc1cccc3c1=C2CCN=3	Pocket2Mol	5G2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34578	Oc1cnc2c(c1)cc1c3c(cccc32)CCO1	Pocket2Mol	5G2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34579	Oc1cnc2c3c4c(cc2c1)CCCC4CCC3	Pocket2Mol	5G2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34580	Cc1c2c(cc3cc(O)cnc13)CC=CC2	Pocket2Mol	5G2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34581	O=C1CC2C/N=C3\Nc4cc(cc5ccc(cc45)C4C(=O)NCC4Nc4cnc(c3n4)NCCCCN1)OCC1=NCCC3=NCN(C2)C3=N1	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34582	Cc1c(F)cnc2c1NOc1ccccc1N/C1=N\C(C2)Oc2cccc(c2)C/C=C/c2cccnc21	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34583	Cn1c(=O)nc(N)[nH]c1=O	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34584	COc1cc2c3c(c1)C(=O)C1CC4NCC(Nc5cnc6c(n5)/C(=N/CC(CN(C)C(=O)CN)CC(=O)N(C)C5CCCN6C5)N2)C4C1=C3	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34585	COC(=O)C1=C2CNC(=O)Nc3ccc(-c4c(C)cccc4C)c(c3)-c3nc(=O)n4c5c3c(C)c(c(=O)n5CC(CC(=O)O)C4)O/C=C(\C2)N1	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34586	Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3c(C)nnc(C)c3C)c(-c3nc(=O)n(-c4c(O)cc(=O)n(C)c4C)c4nc(C)ncc34)c2)c(F)cn1	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34587	Cc1cccc(C)c1-c1ccc(NC(=O)NCc2ccnc(O)c2C(=O)O)cc1-c1nc(=O)n2c3c1c(C)cc(=O)n3CC(CC(=O)O)C2	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34588	Cc1cccc(C)c1-c1ccc2cc1-c1nc(=O)n3c4c1c(C)c(c(=O)n4CC(CC(=O)O)C3)NC1=NCC(C(=O)O)=C(C=C1)CNC(=O)N2	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34589	CN1C=Cc2c(N)ccc3nc(Nc4cc(-c5ccc(-n6cccnc6=O)cc5)c5c(O)c(CN)ccc5c4)cc1c23	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34590	CCc1ccc2[nH]c3ccc(-c4cccc(C)c4)c(n3)/c3[nH]c4c5c(ccc4c(=O)n(C)c2c1)C(=O)C/C(=C(\O)NC(=NC(C)=O)CC/N=3)O5	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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