Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
34636	Cc1cccc(-c2cccnc2C(=NCCC=NC(N)=O)Nc2c3c(cc(O)c2C(=O)N2CCC[C@H](OCCO)C2)Oc2ccccc2O3)c1	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34637	CCNc1ncc2nc1C(=NC[C@@H](CNC(=N)N)CC(=O)CO)Nc1cc(OC)cc3c1C=C1[C@@H](CC[C@@H]1C(=O)N2)C3	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34638	O=C(O)c1cc2c3c(c1)CNC3C(=O)N=C2	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34639	Cc1cccc(C)c1-c1ccc(NC(=O)NCc2ccncc2C(=O)O)cc1-c1nc(=O)n2c3c1c(C)cc(=O)n3CC(CC(=O)O)C2	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34640	Cc1ccc2cc(NC3=N[C@H](C=CC(=O)O)C=C3)cc(-c3ccc(-n4ccc(=O)[nH]c4=O)cc3)c2c1	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34641	CCCO[C@H]1CCCN(C(=O)c2c(O)cc3c(c2NC(=NCCC=NC(=O)O)c2ncccc2-c2cccc(C)c2)Oc2ccccc2O3)C1	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34642	COC1=CCC=C(c2cc(C(N)=O)c(F)cc2-c2cn(C3=CN=CC3)nn2)N1CO	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34643	COc1ccc(C)c(-c2ccc(NC(=O)NCCC(C)C)cc2-c2nc(=O)n(CC(F)F)c3ncncc23)c1	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34644	Cc1cccc(C)c1-c1ccc2cc1-c1nc(=O)n3c4c1c(C)c(c(=O)n4CC(CC(=O)O)C3)NOc1ccc(c(C(=O)O)c1)CNC(=O)N2	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34645	CC[C@H](C(=O)O)c1ccc(C=CC=O)cc1	Pocket2Mol	4JXS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34646	CC[C@H](C(=O)O)c1ccc(C=CCO)cc1	Pocket2Mol	4JXS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34647	CN(O)C1C(=O)Nc2ccc(O)cc2C1O	Pocket2Mol	4JXS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34648	O=C(O)CN1Cc2c(O)cccc2CC1=O	Pocket2Mol	4JXS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34649	CN(O)C1CNC(=O)C1N	Pocket2Mol	6IBK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34650	C1CNC2CNNCC2N1	Pocket2Mol	6IBK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

34636 to 34650 of 73725 items. Total 4915 pages.